莖的頂端有頂芽，葉腋有腋芽，莖上著生葉和腋芽的部位稱節，節與節之間稱節間，木本植物的莖枝上還分布有葉痕、托葉痕、牙鱗痕和皮孔等。　　芽　　芽是尚未發育的枝條、花或花序。依芽的生長位置分：(1)定芽;芽在莖上生長有一定的位置。定芽又分頂芽，生于莖枝頂端的芽;腋芽(側芽)，生于葉腋的芽，有的植物腋芽生長位置較低，被覆蓋在葉柄的基部內，知道葉脫落才顯露出來，稱柄下芽;副芽，一些植物頂芽或腋芽旁邊生出的芽。(2)不定芽;芽的生長無一定位置，不是從葉腋或枝頂發出，而是生在莖的間節、根、葉及其他部位上的芽。　　按莖的質地分木質莖、草質莖、肉質莖;按莖的生長習性分直立莖、纏繞莖、攀援競和匍匐莖。　　莖的變態可分為地上莖的變態和地下莖的變態兩大類型。地上莖的變態包括：(1)葉狀莖或葉狀枝，莖變為綠色的扁平狀或針葉狀;(2)刺狀莖，莖變為刺狀常粗短堅硬不分枝;(3)鉤狀莖，通常呈鉤狀，粗短，堅硬，無分枝，位于葉腋，由莖的側軸變態而成。(4)莖卷須，常見于具有攀援莖植物，莖變為卷須狀，柔軟卷曲，多生于葉腋;(5)小塊莖和小鱗莖，有些植物的腋芽常形成小塊莖，形態與塊莖相似。(6)假鱗莖，附生的蘭科植物的基部肉質膨大呈塊狀或球狀部分。　　地下莖的變態：(1)根狀莖;(2)塊莖;(3)球莖;(4)鱗莖，球形或扁球形，莖極度縮短稱鱗莖盤，被肉質肥厚的鱗葉包圍，頂端有頂芽，葉腋有腋芽，基部生不定根。　　雙子葉植物莖的初生結構：從外到內分為表皮、皮層和維管柱。　　維管柱包括初生維管束(初生韌皮部、初生木質部、束中形成層)、髓和髓射線(髓射線也稱初生射線，位于初生維管束之間的薄壁組織，內同髓部，外達皮層。)。　　雙子葉植物莖的次生構造：次生木質部是木本莖次生構造的主要部分，是木材的主要來源。次生木質部是由導管、管胞、木薄壁細胞、木纖維和木射線組成。次生韌皮部常由篩管、伴胞、韌皮纖維和韌皮薄壁細胞組成。韌皮射線是次生韌皮部內的薄壁組織。